В завершающие дни Второй мировой войны пилот-камикадзе Коити Сикисима совершил посадку на острове Одо, где находилась ремонтная база японской императорской армии. Там же вечером на них обрушилась атака гигантского ящера, неожиданно появившегося из ниоткуда, — местные жители называли его Годзиллой. Коити возвращается в Токио, лежащий в руинах после бомбардировок: его родители погибли, а от семейного дома остались лишь обломки. Он пытается начать жизнь заново.
К нему присоединяется девушка, также потерявшая свою семью, с младенцем, которого она спасла во время воздушного налёта. Постепенно жизнь налаживается: Коити работает в группе по разминированию в Токийском заливе. Однако однажды их хрупкий деревянный катер сталкивается с Годзиллой, который после ядерных испытаний на атолле Бикини стал ещё более огромным и свирепым.